De molenbiotoop is belangrijk voor een duurzame instandhouding van molens. Met name de achteruitgang van de molenbiotoop is een belangrijk knelpunt voor het toekomstige molenbehoud.
Om de molenbiotoop te beschermen en in stand te houden moeten de biotoop bedreigingen goed in kaart worden gebracht. Hierbij maken we onderscheid tussen wind- en watermolens, omdat de bedreigingen van de molenbiotoop bij deze twee typen molens verschillend van aard zijn.